Khi chuyên cơ của Tổng thống Rwanda Juvenal Habyarimana bị trúng đạn, chỉ vài giờ sau những người Hutu quá khích dựng lên 1.157 hàng rào xung quanh thủ đô. Những tay súng cực đoan Hutu Interhamwe được trang bị dao rựa, cuốc, dùi cui và súng trường phối hợp với binh lính người Hutu trong quân đội Rwanda hình thành đội quân giết người hung bạo, vác loa kêu gọi giết người Tutsi và cả những người ôn hòa cùng dòng máu Hutu mà Interhamwe gọi họ là những "con gián".[2]. Những vụ tàn sát diễn ra ngay tại các giáo đường, các điểm dừng giao thông, chợ, tại các gia đình; và sự giết chóc thường diễn ra sau khi chửi mắng nguyền rủa, đánh đập hoặc hãm hiếp. Cả đất nước Rwanda chìm trong loạn lạc đẫm máu.[4]

Những sĩ quan và binh sĩ người Bỉ trong lực lượng gìn giữ hòa bình Liên Hợp Quốc tại Rwanda bị sát hại ngày 7 tháng 4 năm 1994 đã trở thành một nguyên nhân quan trọng để Tổng thư ký Liên Hợp Quốc quyết định rút các lực lượng Liên Hiệp Quốc khỏi Rwanda. Ngay sau đó, các đài phát thanh ở Rwanda đã phát sóng kêu gọi người Hutu đa số sát hại tất cả người Tutsi trong nước. Quân đội và cảnh sát quốc gia chỉ đạo việc thảm sát, họ còn dọa giết cả thường dân Hutu ôn hòa khi thuyết phục không hiệu quả. Hàng trăm nghìn người dân vô tội, chiếm 75% số người Tutsi sống tại Rwanda đã bị những người hàng xóm chém chết bằng dao phay. Bất chấp những tội ác khủng khiếp, cộng đồng quốc tế, trong đó có Hoa Kỳ, đã do dự. Họ gán một cách sai lầm tội ác diệt chủng với sự hỗn loạn trong bối cảnh chiến tranh bộ lạc. Tổng thống Bill Clinton sau này gọi việc Mỹ đã không làm gì để ngăn chặn nạn diệt chủng là "nỗi hối tiếc lớn nhất" của chính quyền Mỹ hồi đó do ông lãnh đạo.[5]

Những vụ tàn sát lớn nhất đã diễn ra dưới sự điều khiển của Ladislas Ntaganzwa, thị trưởng Nyakizu. Theo cáo trạng của ICTR giữa khoảng 14 và 18 tháng 4 năm 1994, Ntaganzwa bị cáo buộc chỉ huy việc lập kế hoạch, chuẩn bị và thực hiện vụ thảm sát trên 20.000 người Tutsi tại giáo xứ Cyahinda. Ntaganzwa cũng bị cáo buộc sắp xếp và chỉ đạo vụ thảm sát hàng ngàn người Tutsi ở vùng Gasasa Hill; giết chết những người Tutsi chạy thoát trong vụ thảm sát tại Nkakwa; vụ giết người Tutsi vùng Maraba, vụ tàn sát người Tutsi tại Trung tâm Thương mại Nkomero, xã Kigembe và cho lệnh hiếp dâm phụ nữ người Tutsi rồi giết họ. Hãm hiếp và làm nhục được sử dụng như là công cụ chiến tranh của lực lượng cực đoan đối với những người phụ nữ Tutsi, những người vợ có chồng là người Tutsu hoặc những người được cho là đã giúp đỡ người Tutsi. Lực lượng cực đoan Interhamwe đã có các hành động dã man như là hãm hiếp, cắt âm vật, buộc làm nô lệ tình dục hoặc cưỡng bức phá thai.